为了确保《医学教育管理》所刊登稿件的创新性、严谨性、验证性的学术质量，《医学教育管理》编辑部根据学术论文的特点及本刊的编辑工作流程和责任制度，在审稿经验的基础上形成一套自己的审稿制度，具体内容如下：
第一条 稿件实行“三审”制。即初审、再审（复审或二审）、终审（三审）。即编辑部收到稿件后，由助理编辑负责登记，然后责任编辑进行初审；初审通过的稿件由编辑部主任复审后送外审，一般同时送两位同行专家审查、评定（单盲审稿），同行专家审核通过的稿件有统计学内容的，应再送统计学专家审核、评定；外审后的稿件进入三审，即经过有关专家评审的稿件，责任编辑根据评审意见，择优选定，然后提交主编或编辑部主任（常务副主编）定稿。
第二条 编辑部应对稿件质量严格审查，严格把关，并对审稿人的姓名、工作单位和不宜公开的审稿意见严格保密。审稿人对稿件有不同意见时，应区别情况处理，对学术观点不同的意见，一般不应影响稿件的发表。尤其对有独特见解的稿件，只要立论明确，数据可靠，推理正确，应予发表。
第三条 对某些审稿意见，作者如有不同意见，并提出正当理由，应尊重作者的意见，妥善处理。
第四条 凡不符合本刊的办刊性质、要求的稿件或经审查认为未达发表水平的稿件，由编辑部负责退稿。
第五条 本刊已经开通网上“科技期刊学术不端文献检测系统”，一般在收稿和定稿时对稿件进行两次查重，凡发现有学术不端文章严格退稿。